在宿命的相逢之後，佐佐木小次郎(鶴田浩二飾)苦練劍術，一心想打敗宮本武藏(三船敏郎飾)。小次郎來到江戶期間與武藏邂逅，兩人約定東門決鬥。但是在決鬥前夜，武藏致信請求將決鬥延期一年。次日武藏和城太郎、熊五郎旅行來至鄉下，師徒三人一面鋤地耕作，一面教習農民武藝，抵抗土匪。這期間阿通(八千草薰飾)和朱實(岡田茉莉子飾)先後來此尋找武藏，朱實更在匪亂中不幸喪命。一年後，小次郎成為細川家臣，巖流島將成為他和武藏的命運轉折點…