故事發生在被天牆分為三塊的假面騎士BUILD的世界，竟然出現了假面騎士EX-AID世界的敵人缺陷者病毒而展開冒險。為何不該出現在這的敵人會來到這世界…？面對神祕敵人而毫無應對方法的戰兔，一個身體半邊被金屬覆蓋的神祕男人出現在他眼前。